Mitteparameetriline ordinatsioonimeetod
Mitteparameetrilise meetodi aluseks on korrelatsioonide ja keskmiste asemel liikidevaheliste erinevuste indeksite maatriks, vaikimisi Bray-Curtise indeksid ( võimalikud kõik samad kaugused, mis vegdist funktsiooni korral). metaMDS funktsioon võimaldab tellida eelneva andmete korrastamise - andmed skaleeritakse ja vajadusel võetakse arvukustest ruutjuur, et suurte arvukuste osatähtsust veidi ühtlustada.
Andmestik zoo on täpselt sama mis parameetrilise ordineerimismeetodi korral.
zoo.NMDS<-metaMDS(zoo, distance = "bray", k = 2, trymax = 20, autotransform =TRUE, wascores = TRUE, expand = TRUE, trace = 1, plot = F)
#plot=F ( graafikuid ei tee) sai märgitud, kuna tellin järgnevalt ise samasugused graafikud, mis oleksid eelmise, kanoonilise analüüsi omadega võrreldavad.
plot(zoo.NMDS, type = "n",main="Veeproovid ") #jätame punktid esialgu peale kandmata
points(zoo.NMDS, display = "sites", col = as.numeric(osa), pch="*", cex=2)
text(zoo.NMDS, "species", col="blue", cex=1)
Andmestik zoo on täpselt sama mis parameetrilise ordineerimismeetodi korral.
zoo.NMDS<-metaMDS(zoo, distance = "bray", k = 2, trymax = 20, autotransform =TRUE, wascores = TRUE, expand = TRUE, trace = 1, plot = F)
#plot=F ( graafikuid ei tee) sai märgitud, kuna tellin järgnevalt ise samasugused graafikud, mis oleksid eelmise, kanoonilise analüüsi omadega võrreldavad.
plot(zoo.NMDS, type = "n",main="Veeproovid ") #jätame punktid esialgu peale kandmata
points(zoo.NMDS, display = "sites", col = as.numeric(osa), pch="*", cex=2)
text(zoo.NMDS, "species", col="blue", cex=1)
Antud meetod on eraldanud liigid ja kohad veidi selgemini kui parameetriline , kuna suured erindid on siin teisendamistega oma suure osakaalu kaotanud, punktid on seetõttu rohkem lahku löödud. Samas skaalad on mõlemal teljel lühemad. Järelduste tegemisel midagi uut siiski näidata ei õnnestu - antud liikide kooslus on ühtlane, väga selgesti eristuvaid rühmi ei ole võimalik välja tuua. Bioloogi otsus on, kas ja milliseid liike kokku panna või kuhu piir tõmmata.